Cómo anular una factura electrónica en Costa Rica (paso a paso)

Respuesta corta: una factura electrónica aceptada por Hacienda no se puede borrar ni editar. Se anula emitiendo una nota de crédito por el total que la referencia con el código 01 («Anula documento de referencia») o con el 13 si el motivo es un error de digitación. Si la factura fue rechazada por Hacienda, no se anula: no tiene validez y se emite un comprobante nuevo que la sustituya.

Es la duda más repetida de quien empieza a facturar electrónicamente. La respuesta está en el Reglamento de Comprobantes Electrónicos (Decreto 44739-H): los comprobantes válidamente emitidos «no se pueden anular directamente»; sus efectos contables se anulan o modifican con notas de crédito o débito, «permaneciendo inalterable el documento original» (art. 10).

Primero: ¿la factura fue aceptada o rechazada?

Todo depende de la respuesta de Hacienda:

Estado de la factura	Qué hacer
Aceptada	Nota de crédito que la anula
Rechazada	No se anula. Se emite un comprobante nuevo que la sustituye
Todavía en proceso	Esperá el veredicto: no se puede anular algo que aún no tiene respuesta

El caso del rechazo confunde mucho, y el Reglamento es explícito: cuando el mensaje de Hacienda es de rechazo, el comprobante «carece de validez» y «no debe realizarse la respectiva nota de crédito o débito» (art. 10). Lo que corresponde es emitir «de forma inmediata un nuevo comprobante, en el que se indique cuál es el comprobante que se está sustituyendo» (art. 19). Lo explicamos en qué hacer si Hacienda rechaza una factura.

Cómo anular una factura aceptada, paso a paso

1. Ubicá la factura y anotá su clave de 50 dígitos y su fecha de emisión.
2. Emití una nota de crédito (tipo 03) con las mismas líneas de la factura: mismos CABYS, cantidades, precios y tarifas de IVA. Así el monto acreditado es el 100 %.
3. En la referencia poné el tipo del documento (01 si es una factura), su clave, su fecha y el código del motivo.
4. Esperá a que Hacienda acepte la nota. Desde ese momento la venta queda neutralizada: la factura sigue existiendo, aceptada, y la nota la compensa.

En el portal de facturación de Facturaencr la nota se precarga desde la factura original: emisor, receptor, moneda, líneas e impuestos ya vienen puestos, y solo confirmás.

¿Código 01 o código 13?

Desde la actualización del Anexo v4.4 (bitácora al 22/04/2026, obligatoria para los sistemas desde el 1 de noviembre de 2026) hay dos formas de anular, y no son intercambiables:

Motivo	Código	En qué mes se declara la nota
La venta se canceló, el cliente era otro, la operación no se hizo	01	En el mes de la nota
La factura salió con un error material: un precio, una cantidad o un dato mal digitado, o un cálculo mal hecho	13	En el mes de la factura original

Un ejemplo: una factura de agosto se anula en setiembre. Con el 01, la baja del IVA cae en setiembre. Con el 13, la nota refleja su efecto en agosto, el período de la factura que modifica. Si lo que hay que corregir es solo un monto mal digitado, y no anular todo, el código es el 14. El detalle está en nota de crédito por error material.

Casos frecuentes

Le hice la factura a la cédula equivocada. Los datos del receptor no se corrigen con una nota. Se anula la factura con una nota de crédito por el total y se emite una factura nueva, correcta. Verificá la cédula nueva en el padrón antes de anular: si la factura nueva sale rechazada (por ejemplo con -38, identificación que no existe), la original ya quedó anulada y la venta se queda sin comprobante.

Le di un tiquete y ahora me pide factura. El tiquete no se «convierte». Se emite una nota de crédito que anula el tiquete y después una factura nueva a nombre del cliente.

Solo devolvió parte de la mercadería. No es una anulación: es una nota de crédito parcial, con las líneas devueltas y el código 02 (corrige monto).

Facturé de menos. Tampoco se anula: se emite una nota de débito por la diferencia. La guía de nota de crédito vs nota de débito cubre todos los casos.

Errores que hacen rechazar la nota

• Cambiar los CABYS. Hacienda cruza los códigos de la nota con los de la factura y rechaza con -509 si alguno no estaba.
• Omitir el medio de pago en una nota de contado: Hacienda la rechaza aunque el XSD lo marque opcional.
• Usar el código 03. Ya no existe en la v4.4; «corrige monto» pasó a ser el 02.
• Usar el código 17. Es exclusivo del Recibo Electrónico de Pago.

Un dato que conviene saber: Hacienda no valida a qué factura apunta la referencia. Acepta una nota con una clave mal copiada. Por eso conviene que tu sistema verifique la referencia; Facturaencr te avisa al emitir si la clave no corresponde y marca la factura como anulada cuando la nota es aceptada.

Preguntas frecuentes

¿Se puede eliminar una factura electrónica?

No. Una vez aceptada queda registrada en Hacienda para siempre. Se neutraliza con una nota de crédito.

¿La nota de crédito se le envía al cliente?

Sí, igual que la factura. Le sirve para ajustar el crédito de IVA que había tomado con esa factura.

¿Puedo anular una factura rechazada con una nota de crédito?

No. El Reglamento lo prohíbe expresamente (art. 10): la factura rechazada no tiene validez. Se emite un comprobante nuevo que la sustituye.

¿Cómo anulo por API?

Con POST /documents/nota-credito, la referencia a la clave de la factura y codigo: "01" o "13". Paso a paso en cómo emitir una nota de crédito por API.

En Facturaencr la nota de crédito se arma desde la factura original con un clic, ya cuadrada, en el portal de facturación, en el punto de venta o por API. Y si Hacienda rechaza un comprobante, el botón «Corregir y emitir de nuevo» arma el sustituto con la referencia correcta.